برای أقامه دعاوی کیفری، مراجع خاصی در قانون پیش‌بینی شده است که هرکدام صلاحیت رسیدگی به جرائم مشخصی را دارند.مطابق قانون رسیدگی به کلیه جرایم ابتدا در دادسرا انجام می‌گردد، مگر برخی از جرایم که مستقیما در دادگاه مطرح می‌شوند. با توجه به این که جرم از جمله مسائل حساس و مهم در کشور ما به شمار می‌رود، رسیدگی به پرونده‌های کیفری طی چند مرحله صورت می‌گیرد و باید وقوع جرم نزد مرجع تعقیب به اثبات برسد.

• دادسرای عمومی و انقلاب : دادسرا عمومی و انقلاب می‌باشد از صلاحیت‌های خاصی برخوردار می باشد. وظیفه این دادسرا کشف جرم، تعقیب متهم، انجام تحقیقات و سرانجام اجرای احکام کیفری است.
• دادسرای نظامی : به منظور رسیدگی به جرایم مربوط به وظایف خاص نظامی و انتظامی اعضای نیروهای مسلح تشکیل شده است.
• دادسرای ویژه روحانیت : این دادسرا در معیت دادگاه ویژه روحانیت به امر تعقیب و تحقیق در جرایم مربوط به صلاحیت این دادگاه می‌پردازد.
• دادگاه کیفری دو : دادگاه کیفری دو صلاحیت عام رسیدگی به تمامی جرایم را بر عهده دارد، مگر این که قانون رسیدگی به جرمی را در صلاحیت مرجع دیگری قرار داده باشد.به موجب ماده ۳۰۲ قانون آیین دادرسی کیفری، به جرائم زیر در دادگاه کیفری یک رسیدگی می‌شود:

الف- جرائم موجب مجازات سلب حیات

ب- جرائم موجب حبس ابد

پ ـ جرائم موجب مجازات قطع عضو یا جنایات عمدی علیه تمامیت جسمانی با میزان نصف دیه کامل یا بیش از آن

ت ـ جرائم موجب مجازات تعزیری درجه سه و بالاتر

ث- جرائم سیاسی و مطبوعاتی

• دادگاه کیفری یک : دادگاه کیفری همان دادگاه کیفری استان است و در مرکز هر استان و با صلاحدید رئیس قوه قضاییه کشور در حیطه قضایی شهرهای استان برگزار می‌گردند. این دادگاه‌های عموما با یک رئیس و دو مستشار یا همان ۳ قاضی تشکیل می‌گردند اما با حضور یک مستشار و یک رئیس نیز جلسه رسمیت دارد. رای دادگاه بر اساس نظر اکثریت قضات اعلام می‌گردد و نظر اقلیت نیز در پرونده ثبت می‌شود. در این دادگاه‌ها هر یک از طرفین دعوا حداکثر ۳ وکیل انتخاب نماید. جرائمی که در دادگاه‌های کیفری یک بررسی می‌شوند از قرار زیر است :

الف- جرائمی که مجازات آن مانند قصاص نفس، اعدام و سنگسار، سلب حیات است

ب- جرائم سرقت که مستحق مجازات حد سوم ارتکاب سرقت یا حبس ابد است

پ- جرائم سرقت که مستحق مجازات حد برای بار اول و دوم یا قطع عضو است

ت- جنایات عمدی که مربوط به تمامیت جسم مضروب و یا حداقل به میزان نصف دیه کامل فرد باشد

ث- تخلفاتی که متسحق مجازات تعزیری درجه ۱ تا ۳  هستند(درجه ۱ بیش از۲۵ سال، درجه ۲ بین ۱۵ تا ۲۵ و درجه ۳ بین ۱۰ تا ۱۵ سال حبس)

• دادگاه انقلاب : دادگاه انقلاب مراجع تخصصی کیفری می‌باشد که صلاحیت رسیدگی به یک‌ سری پرونده‌ها را دارد. به جرائم زیر در دادگاه انقلاب رسیدگی می‌شود:

الف – جرائم علیه امنیت داخلی و خارجی، محاربه و افساد فی‌الارض، بغی، تبانی و اجتماع علیه جمهوری اسلامی ایران یا اقدام مسلحانه یا احراق، تخریب و اتلاف اموال به منظور مقابله با نظام

ب – توهین به مقام بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران و مقام رهبری

پ- تمام جرائم مربوط به مواد مخدر، روان‌گردان و پیش‌سازهای آن و قاچاق اسلحه، مهمات و اقلام و مواد تحت کنترل

ت- سایر مواردی که به موجب قوانین خاص در صلاحیت این دادگاه است.

• دادگاه اطفال و نوجوانان : به کلیه جرائم اطفال و افراد کمتر از هجده سال تمام شمسی در دادگاه اطفال و نوجوانان رسیدگی می‌شود.